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合作社收到政府补助款应记入收到政府补助款科目。收到政府补助款科目，属于政府补助款科目，是对企业的财务津贴，政策性资金（如政府为发展有利于国家经济的企业给予的补助，为提高流动性，利用政府补贴从某种意义上说，实现社会投资）。在会计核算中，收到政府补助款的记账一般分两步：

（1）首先，将补助款收入计入“收到政府补助款”科目，该科目的借方科目为补助款来源科目，贷方科目为银行存款科目。

（2）其次，根据政府补助款的使用要求，将补助款从“收到政府补助款”转入指定的补助费用科目或投资科目，此时应做两步记账，借方科目为收到政府补助款，贷方科目分别为补助费用科目或投资科目，此外，如果已确定补助款的使用方式，就不必再将补助款转入“收到政府补助款”科目，直接记入补助费用科目或投资科目；如果未确定补助款的使用方式，应将补助款转入“收到政府补助款”科目，待确定后，再将其转入补助费用科目或投资科目。

拓展知识：

政府补助款的结算账户一般有两种：一种是以登记账户的形式结算，一种是以账户转账的形式结算。以登记账户的形式结算，发放政府补助款，是指政府相关行政部门将补助款转入当事企业指定的登记账户，企业拿到补助款，应立即将补助款入账并登记。以账户转账的形式结算，政府将补助款从补助款来源账户转账发放到企业的账户，企业收到政府补助款时，应立即将补助款入账并登记。