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自然人代开经营所得汇算清缴是一项企业和自然人之间的税务程序，它规定自然人可以以其名义代开经营性发票，同时为企业提供增值税，所得税应纳税义务。

自然人代开经营所得汇算清缴应该做的步骤如下：

一、缴纳增值税及附加税：增值税及附加税收入应按规定的期限进行缴纳，注意填写增值税和附加税缴纳表。

二、充分准备纳税表：准备纳税表，确保数据准确无误，纳税表应包括企业基本情况、本期经营所得、应交税金等。

三、报送汇算清缴申请：准备完毕后，按照有关规定进行报送汇算清缴申请，在报送汇算清缴申请时，确保报税表准确，该申请由当地税务部门审核。

四、核实税费后支付：审核完毕后，根据汇算清缴申请，自然人应当按照税务部门核定的应纳税款支付，以确保税款的规范缴纳。

五、提交汇算清缴凭证：完成税款支付后，自然人需要提交汇算清缴凭证，以便税务部门核实税款已经及时缴纳，汇算清缴凭证由企业准备。

六、报送年度报表：完成汇算清缴后，自然人还需要按照有关规定及时报送年度报表，以报送财务情况，以便税务部门审核检查。

拓展知识：在自然人代开经营所得汇算清缴过程中，自然人应当注意不同税类之间的联动效应，以及增值税税率、税收基数等信息的变化，以确保税收申报的准确性和有效性。此外，自然人还需要定期关注有关税务政策的变化，以便及时更新税法知识，及时缴纳税款。