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部门剩余收益的计算依据是指从企业或组织的某个部门中进行计算，以确定该部门在一定时期内剩余可投入所有资金的收益率。该收益率可以采用任何一种形式的计算方法，但主要是基于收益率，并以投资总额为基础。

具体而言，部门剩余收益的计算依据应考虑多种可能的资本支出，比如固定资产投资、材料采购、人员支出等，以及可能的收入收入，如投资收益、销售收入等。为了计算出部门剩余收益，需要综合考虑这些因素，通过减去所有支出部分以计算出部门预期收益，再将其与原投资总额进行比较，从而计算出部门剩余收益率。

另外，在计算部门剩余收益时，还要将部门内的风险因素纳入考虑，风险因素极有可能会影响最终的收益率，可能把本期的剩余收益从预期值偏离较远，因此，在计算部门剩余收益时，还需要考虑风险因素的影响。

总之，部门剩余收益的计算依据是基于投资总额的，要考虑多种可能的资本支出费用和可能的收入收入，以及风险因素的影响，有助于企业管理者更好地分析部门的剩余收益率，以及如何调整部门的投资结构以实现最佳投资收益率。

拓展知识：除了部门剩余收益率，企业或组织也可以通过不同的计算方式，评估其他部门的总体收益率，比如总体投资收益率(ROI)、总体资本收益率(ROE)等，这些收益率可以为企业管理者提供金融决策的参考，有助于实现企业最佳的财务策略。