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海关专用缴款书抵扣是指企业在海关增值税缴款时，经海关审核同意，凭海关专用缴款书抵扣增值税。抵扣流程一般分为抵扣申请、申请抵扣审批以及申请抵扣结果公布三个步骤。

一、抵扣申请

1.企业与海关签订抵扣协议，确定企业向海关提交抵扣申请所需文件；

2.企业将抵扣申请文件及海关专用缴款书形式等抵扣材料提交至当地海关，由海关审核；

3.抵扣申请完成后，海关会对抵扣材料进行审核，确认企业抵扣资金是否满足条件；

二、申请抵扣审批

1.海关通过审核后，准予企业使用海关专用缴款书抵扣增值税；

2.根据海关已经确定的抵扣申请资金，企业向海关缴纳增值税，缴款时凭海关专用缴款书抵扣增值税；

3.缴纳增值税后，海关会根据企业提交的抵扣申请资料，对企业使用海关专用缴款书抵扣增值税情况进行审核；

三、申请抵扣结果公布

1.审核通过后，海关会将抵扣结果公布至本单位网站，供企业查验；

2.审核不通过的，海关会将抵扣结果公布至本单位网站，企业可以在一定时间内根据海关发布的结果提出申诉。

以上就是海关专用缴款书抵扣的操作流程，是企业在海关增值税缴款时，经海关审核同意抵扣增值税的一种税款减免方式。抵扣成功后，可大大减少企业的税费负担，增加企业实际利润，拓展企业的经济利益。同时，因为海关抵扣时的严格审核，也能对企业进行税务纳税行为的指导，有效的降低企业的税收风险。