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航空运输电子客票行程单抵扣进项的原则是，企业持有的航空运输电子客票行程单可以申请抵扣进项税款。抵扣原则是按照本行程单实际发生的费用减去本行程单实际发生的退款金额，即得出本行程单实际应付金额，把这部分费用抵扣到相关税款上。

首先，企业可以通过航空运输电子客票行程单抵扣相应税款，通常抵扣税款种类包含增值税、消费税、投资费用、营业税、车船税等。其次，在实际申请抵扣进项税款时，企业需要提供相应的证明文件，包括机票发票、收入凭证、航空运输电子客票行程单等。

此外，申请抵扣进项税款要注意的是，参与抵扣的行程单只能是企业本人持有的行程单，且行程单上的乘机人必须是企业本人，且行程单上的乘车日期不能晚于报税期，另外抵扣金额不能超过企业申报当期累计抵扣金额上限，最后企业在申报当期税款时需要把相应的抵扣金额计入税款申报表中。

综上所述，航空运输电子客票行程单可以申请抵扣进项税款，但在申请抵扣进项税款时，企业需要提供相应的证明文件，以及注意报税期的问题，最后将相应的抵扣金额计入税款申报表中，以免出现不必要的纳税错误。

拓展知识：抵扣进项税款有很多限制，如适用税种，抵扣税种，行业范围及期限等，并且还需要企业准备不少证明文件，比如机票行程单，机票发票，收入凭证等，如果抵扣的税款有误，企业可能会遭受处罚。因此，企业在申请抵扣进项税款时，应认真审查税务相关法规，确保税款报送的准确性，以免出现因不小心而引发的错误，而受到处罚。