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一般情况下，母子公司是指公司在拥有公司股权的同时它还持有另一个独立公司（子公司）的股权，成为母公司，母子公司之间可以有资源共享，也可以实施专业管理。因此，员工是否可以在母子公司分别发放工资，要看该具体情况而定。

如果母子公司是作为一个整体运作的，它们不同的部门都有共同的人力资源管理政策和操作流程，那么母子公司很有可能会实行同一个支付系统，也就是说，员工可以在母子公司一起发放工资。

但是，如果母子公司彼此独立，每个公司都有自己的人力资源管理政策和操作流程，那么母子公司可能就不会实行同一个支付系统，大部分公司都会采取分别发放工资的做法，即母子公司可以分别发放工资。

总的来说，员工是否可以在母子公司分别发放工资，要看母子公司两者的具体情况而定。如果母子公司是一个整体运作，拥有共同的人力资源管理政策和操作流程，那么它们最有可能实行同一个支付系统。反之，如果母子公司彼此独立，每个公司都有自己的人力资源管理政策和操作流程，那么母子公司最有可能是分别发放工资。

另外，对于母子公司而言，可以在母子公司之间进行资源共享，及时响应市场变化，从而提高效率和整体业绩。母子公司也可以发放集团分红，使母子公司之间的财富共享。综上所述，母子公司是有很多好处的，在充分利用母子公司的优势的前提下，只要结合特定情况，合理地运用母子公司结构，企业可以取得更大的成功。

拓展知识：母子公司的实质就是相关方投资关系，两家企业彼此之间有一个稳定的投资关系，投资方有权控制被投资方的经营决策，这就形成了母子公司的双向控制结构。在我国，母子公司通过投资方财务关系控制子公司的经营，但两家公司仍然是保持独立性的，有自己独立的公司名称、编号、组织机构和财务报表。