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员工办理健康证费用的入账一般分两步进行：

1、首先，对于企业购买的健康证费用，应当在支付时，对费用进行妥善的登记、核算，并将相关费用凭据存放妥当；

2、随后在记账时，按照企业的财务核算制度，将费用计入相应的会计科目中，如购买健康证费用，应归入“应付职工薪酬”科目，向健康证机构支付的费用，应归入“应付账款”科目；

同时，在企业支付费用的同时，应及时给职工开具健康证的费用发票，方便进行税务报销；

总之，员工办理健康证费用的入账只有按照企业的财务制度，并将费用依据妥善登记、存档，方可保证资金核算的准确性和一致性，最大限度地节约企业的费用，从而使企业的财务工作更加合理有序。

拓展知识：

员工办理健康证的程序主要有以下几步：

1.企业应根据自身情况，按照国家有关法律、规定和职工本人要求，向当地社会保障部门发出申请，申请办理健康检查证；

2.收到当地社会保障部门的通知，企业应组织员工按照通知的要求，携带有关申请材料到指定地点，完成健康检查手续；

3.经检查，确认有检查合格后，健康检查机构会根据检查结果，为员工发放健康检查证；

4.员工办理完成健康检查证的办理，企业应按照相关标准，妥善登记、核算支付的费用，并将费用凭据存放妥当；

5.同时，企业还应及时给职工开具发票，方便进行税务报销。