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可以，但是应该遵循一些准则，以确保交易的合规性。

首先，在开票与打款公司不是同一家的情况下，出票公司应当根据实际交易情况，向打款公司全额开具发票。同时，出票公司应当进行证据保存，便于税收机关的审核查证，实现信息可追溯。

其次，在打款公司进行收款的同时，应当核实收款单位的合法性，确保收款公司为合法经营的企业，其营业执照有效，成立合法，拥有正常经营资格，出票公司可以根据相应的财务凭证，检查收款公司收款人是否符合要求。

此外，两家公司在结算时应当保持诚实、守信，不得以任何方式进行发票套取或抵扣，以免影响正常的交易税收管理，也有助于避免税收稽查。

拓展知识：近年来，国家对双方不同的公司打款与开票的税务管理有了明确规定，即开票公司若未与内部打款公司持续续签到账协议，收款公司可以向客户收取正常的手续费报酬；但双方结算时，开票公司应当按照收款登记凭证总额申报纳税，从而避免税务漏收，规避税收风险。