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专项经费专款专用的入账主要根据专款的用途来定，一般根据结算要求和支付条件，进行按比例凭证的划分，将费用分别归入不同科目。

专项经费专款专用的入账，首先要做的是根据比例分担结转凭证，然后根据费用的种类分别进行归入，分担数额要相符，有以下几个重要科目：

①专用经费：用于支出经费，必须划归本科目，以便日后核算，在多种支出中，有些费用是用专用经费支付的，这些费用就划归这科目。

②财政补助：这科目主要用于记录政府补助的收入，其中包括经济性补助、合同补助、财政性补助等，这类专款受到特定税收优惠政策的影响，必须单独记录。

③经营收入：专款用于经营活动支出的费用，比如支付办公设备、办公室用品、支付加班费，应归入此科目。

④其他收入：一般指与经营活动无关的收入，比如礼品收入、罚款收入、报酬收入等，也归入此科目。

⑤其他支出：一般指与经营活动无关的支出，比如会议支出、慈善支出、培训支出等，应归入此科目。

最后，拓展一些内容，专项经费专款专用，审计部门有的是一些具体的审计准则，就是要求使用单位必须严格严格遵守相关规定，在入账前必须严格抽查，并做好相关凭证，以保证财务的公正性，合法性及可查证性。