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分公司申请独立核算，实际上是一项重要的业务流程，经过该业务流程完成后，分公司将获得比较完整的独立核算系统。一般情况下，该业务流程后的办理流程如下：

1、拟定独立核算计划：多数情况下，分公司必须先拟定独立核算计划，包括预算、预算管理制度、过程的流程、科目体系、账务制度、核算组织架构等。

2、申报申请：根据拟定的独立核算计划，分公司可以向总公司提出申请，由总公司审批后，正式实施独立核算。

3、建立独立核算系统：在总公司审批后，分公司将需要建立独立核算系统，将包括财务报表、权限管理、审批流程、科目分类等。

4、完善财务核算报表：分公司完善财务核算报表，包括损益表、现金流量表等。

5、对比验证：最后，分公司还需要进行对比验证，以确保独立核算系统之间的一致性，从而检验经过独立核算后的产生的财务报表是否准确。

总而言之，分公司申请独立核算，需要先拟定独立核算计划，然后向总公司提出申请，完成建立独立核算系统，完善财务核算报表，最后进行对比验证。

独立核算的拓展知识：

独立核算是指将公司的财务核算作为独立组织来进行，以便尽量降低财务核算相关活动中可能产生的风险。独立核算的好处主要有以下几个方面：

1、权限管理：可以有效地分隔不同类型的业务，以减少操作员及会计人员之间的纠纷和冲突。

2、会计系统更完善：独立核算可以将会计系统优化，使得财务数据的采集、处理、报送等工作得到更好的保障。

3、财务核算能力提升：独立核算可以简化内部复杂性，降低财务核算的成本，从而提高审计能力和决策能力。

4、财务报表准确性提高：通过独立核算，可以更有效地保证公司财务报表的准确性，从而改善公司的信誉。