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农副产品加计扣除的会计分录，是指企业直接投入支出、研发费支出和农副产品加计扣除后所产生的财务分录。

具体来说，企业直接投入支出，指的是企业支付的物料成本、劳务成本和生产经营成本，如：原材料费用、劳务费用、用品费用、物流费用等。在此类支出中，可以加计农副产品投入支出扣除部分税费，这些税费是在企业支出社会保险费、住房公积金基金、增值税以及劳务税等的基础之上进行的加计扣除，因此，企业直接投入支出的会计分录应该是收入减去直接投入支出(加上农副产品投入支出扣除)所得的结果。

研发费支出，则主要指的是企业的研发费用，这些费用包括研发人员的薪酬、购买研发设备和研发性材料等成本。研发费支出也可以加计农副产品投入支出扣除，企业在研发费支出中得到的税费会更高。因此，企业研发费支出的会计分录应该是收入减去研发费支出(加上农副产品投入支出扣除)所得的结果。

农副产品加计扣除的会计分录，应当以收入减去直接投入支出和研发费支出(加上农副产品投入支出扣除)之和，来计算企业的税费费用。可以说，这种会计分录，是企业利用农副产品加计扣除税费的有效方式，能够有效帮助企业在税收筹划中起到重大的作用。

拓展知识：

农副产品加计扣除是指企业支付的原材料、劳务费用和研发费用可以扣除相对应的农副产品投入支出扣除部分，使企业可以从税务方面获得一定优惠。农副产品加计扣除分为国家加计扣除和地方加计扣除，国家加计扣除是指国家税务总局规定的加计扣除的种类，目前包括社会保险费、住房公积金基金、增值税以及劳务税，而地方加计扣除则是由地方税务部门实施的加计扣除税费，同样受到一定的限制和规定，需要按照规定去实施。