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企业往来结算款项的清查主要分为资金的追溯和资金对账两大类。

1、资金追溯：通过查询对账单，从各个发生收支的企业之间来追踪资金的流向，以及资金是用于什么用途，对资金的流向和用途进行详细依据，以避免不确定和违反企业财务制度的流动。

2、资金对账：根据企业往来结算的各项记录，对收支情况进行核对，包括账户余额的正确性，收支的时间是否符合实际，结算金额的确认等，以确保资金的有效支配。

以上是企业往来结算款项的清查的主要内容，除了资金的追溯和资金对账，还包括资金的存取和支出的记录查询，以及收到的货款以及未付款款项的查询。此外，还应该根据企业的实际情况选择合适的结算方式，避免出现资金浪费的情况。

拓展知识：企业往来结算款项有不少种结算方式，常见的有转账支付、现金支付、承兑支付、汇票支付等，企业在进行结算的时要根据实际情况，合理的选择合适的结算方式，以避免资金的浪费。