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旅客运输进项抵扣应当计入运输费用科目。根据《会计准则》第六十一条规定，旅游费用应计入进项税额相当于运输费用部分的科目，同时记入净利润科目。进项税额相当于运输费用部分的科目是记入运输费用进项税额中的一部分，而净利润科目则是记入净利润中的一部分。

运输费用是企业在运输过程中所付款项，包括有旅客运输、货物运输、零担运输等，其中运输费用进项税额相当于运输费用部分的科目也就是为了确定这部分费用的预缴税款，所以需要记入运输费用进项税额中的一部分。这部分费用的计税依据是在税收征收管理的有关规定。

另外，旅客运输进项抵扣中的净利润科目也是记入净利润中的一部分。这部分费用的净利润科目的记录，应当根据企业实际情况考虑，比如说旅客运输中发生的损失计入净利润科目，收入计入净利润科目。

总之，旅客运输进项抵扣应当计入运输费用科目和净利润科目，而具体的记账方式要根据企业的实际情况妥善安排。拓展知识：企业要确保所有的运输费用都要求完全正确，及时实时地记入会计账簿，准确无误地记录。此外，企业还要保持良好的财务报告审计材料，以确保运输费用的准确性及及时申报，以便切实减少企业因财务调整而带来的不必要损失。