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核算上缴上级支出科目的操作流程如下：

1. 首先，根据上级分配的支出科目，在财务软件中建立支出科目，确定对应的科目号。

2. 其次，根据上级要求，编制上缴单据，记录需要上缴的金额、科目、经办人等信息。

3. 然后，将支出金额从现金科目中转入上缴上级的支出科目，即先做借方现金科目，再做贷方上缴上级支出科目记账。

4. 编制上缴凭证，以证明上缴已经发生，并做账单备查。

5. 最后，将上缴单据和凭证登记在档案中，以便随时查询。

拓展知识：上缴科目的记账应当分解到细科目，以方便后续统计查询分析。如支出金额要上缴到上级的财政经费总账科目，应当将其分解到上级指定的支出细科目，以便在下级统计查询支出科目的时候，可以看到上缴的情况。