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员工预借的款项报销时，需要按照财务制度来处理，以保证账务的准确性。这里有以下几个步骤：

1、首先，根据预借的款项使用情况确定是否需要报销。如果没有费用，就可以正常收款；如果有费用，则需要准备报销。

2、确定报销费用的费用科目，把费用科目录入结账系统，然后准备应收和应付款项报销单。

3、核对报销单内容的正确性，特别是报销金额的准确。

4、登录应收款项报销单，对应用款项作应收凭证，待报销结束后，发放凭证。

5、根据用款申请的内容，登录应付款项报销单，把款项发放给相应的收款人，交换款项后，发放凭证。

6、作应收款项、应付款项的现金登记分录，标注贷方为“预收账款”和借方为“借款”，并对相应的凭证编号作备注。

7、根据财务部门的规定，对应收、应付的报销款项平帐，确认款项的收支情况。

拓展知识：

除了以上操作过程之外，还可以做预借款的跟踪控制，以确保款项的准确性和有效性，财务部门可以定期跟踪预借款的使用情况，建立一个完善的报告体系，以确保财务核算的准确性，减少报销过程中的人为错误，提升财务效率。