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行政事业单位往来资金控制主要有以下几种方法：

1.完善相关规章制度。对于行政事业单位的资金收支情况，应当完善相关规章制度，严格落实审批手续，规范资金管理，实行“两权分离”的财务管理制度，确保行政事业单位的资金往来符合法律法规。

2.强化对资金流动的监督管理。可以采取全面的账务及业务审核，提高审计效率，细化审计分工，严格审计程序，提高支出审核要求，限制预算外支出行为的发生，实行联合审计，深入挖掘行政事业单位的往来资金问题，加大对往来资金合规程序的监督控制。

3.建立健全财务预算管理制度。行政事业单位应当建立健全财务预算管理制度，设立财务预算审批委员会及业务审批工作组，建立预算执行审核机制、收支核算机制、资金使用监管机制，有效控制行政事业单位的资金流动，确保其财务预算的合理性和实施的有效性。

4.精细化的收支控制。应当精细化的收支控制，开展检查查账，实施支出细分控制，加强资金的流向与使用的高度统计。

拓展知识：此外，还可以加强预算执行的监督管理，加强对支出合同的管理，强化数据开放与审计监督，加强对行政事业单位的审计工作，以保证行政事业单位的资金往来按照相关法律法规执行，确保财经安全。