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涉及公司之间的赔偿可以抵税吗

答：可以的。

第一、《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

第二、赔偿金的支出如果是与企业生产经营有关，可以在企业所得税税前扣除。法院判决企业支付赔偿金，因为没有发生应税行为，所以无法开具发票。

第三、但是，根据《国家税务总局关于金融企业销售未取得发票的抵债不动产和土地使用权征收营业税问题的批复》（国税函[2005]77号）[全文废止]的规定，合法有效凭证，包括法院判决书、裁定书、调解书，以及可由人民法院执行的仲裁裁决书、公证债权文书。

因此，企业可凭法院的判决文书与收款方开具的收据作为扣除凭据。

赔偿款是否需要做进项税转出

答:根据《增值税暂行条例》第十条第二款规定:"非正常损失的购进货物及相关的应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣."而《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定:"非正常损失是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失."如果运输公司实运数量与装货数量的偏差是管理不善造成的,则属于非正常损失应作进项税额转出处理.但收到的赔偿金不作进项税额转出处理.

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