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物流公司运费做账主要指运费的核算，是企业记账中一个比较重要的内容，其账务处理主要包括两个方面：确定和核算运费的应付账款以及应收账款。

确定应付运费账款是物流公司最关心的内容，一般应付运费的记账过程如下：物流公司将收到的货物运至目的地后，准备发票给承运人，在记账中，应付运费应以承运人发出的发票金额为实物，负凭单材料为证据，另外，运费结算不以物流公司的服务实际收费为准，而以收到承运人的发票金额为准，如运费有差异，其差额应由物流公司和承运人协商解决，另外，对于应付运费应提出有发票，没有发票的，应按统一标准计算。

在确定应收运费账款时，首先要搞清收费的来源，是收取客户运费，还是由客户给予运费补贴，如果是收取客户运费，应收费的收费依据可以是运费合同，运输协议等，收费金额以运费合同约定的金额为准，而如果是客户给予运费补贴，应收费的收费依据可以是客户给物流公司的补贴凭单，补贴方式可以是以现金方式补贴，也可以是折扣补贴等。

要记账，运费做账就不能缺少，而物流公司的运费做账有自己的规律，只要按照运费做账流程进行处理，不仅可以确保运费账务的准确性，还可以做到账务精准、高效，为物流公司以及客户创造更多价值。

拓展知识：有时候，客户会要求对运费进行账务处理，此时，物流公司可以和客户签订运费账务对账单，开票和收款后，把运费账务处理记录在这份对账单中，物流公司可以根据对账单的记录内容，对货物的数量、重量、大小等进行处理，以确定应收运费的金额，同时也可以计算出客户的运费补贴金额，以便快速准确地进行核算，既简化了运费处理流程，又可以有效地监管客户的运费补贴；在对账单签字后，物流公司和客户可以及时更新运费的账务处理信息，保证账务管理的准确性。