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完工后在建工程科目结转的主要步骤如下：

首先在财务系统中分别建立项目结转前和结转后的会计科目，比如原来项目内只存在建筑物的建设成本，结转后可以建立固定资产、累计折旧等会计科目，体现出资产的投入和折旧情况。

其次，根据实际情况，建立实物清单，分别记录原已建成的资产成本，及其技术参数、规格等信息，以便统计和考虑这些资产的折旧问题，并确定结转时的折旧基数以及折旧费用。

同时，建立项目结转的明细表，将结转前的科目费用减少，相应增添结转后的费用，计算出结转前后的费用变化，并将变化的结果记录入会计凭证，以及准备项目结转的相关审计单证和财务报表，以便审计确认和核准。

最后，一旦项目结转完成，应当及时督促完成归口管理科目的结转，如建设工程决算、外部费用结转等，对完工项目的费用进行有效的核算和收缴，以免影响项目的正常结算。

拓展知识：完工后在建工程结转完成后，应当重视资产管理，加强资产管理的日常工作，建立健全资产管理制度，并对每件资产记载其使用情况，以便计算出精确的折旧金额和折旧率，有效的维护企业权益与利润。