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员工自有车辆补贴开的费用专票可以抵扣，但是需要满足一定的条件才能够抵扣。

一是企业支付给员工的补贴必须符合税务管理规定，补贴支付的目的、形式和金额必须在企业内部文件中予以明确，不能违反相关税务管理规定。

二是补贴支付必须经过正常程序审批，企业要建立严格的报销流程，严格控制和支付收入和支出。

三是补贴支付一定要有收据凭证，有效的收据凭证可以证明支付的补贴是合法合规的，是可以抵扣的。

四是补贴支付必须有明确的扣税规定，该补贴支付的收入必须要缴纳税款，只有缴纳税款后才能正常抵扣。

五是补贴支付必须做好财务核算，企业要建立完善的财务核算体系，定期进行报销审批、登记和核算，对补贴支付有准确的记账，以便于依据有效的财务记录，实现有效的抵扣。

总之，为了抵扣员工自有车辆补贴开的费用专票，企业不仅要符合税务管理规定，同时也要建立严格的报销流程、持有有效的收据凭证、按税收规定缴税以及做好财务核算。

拓展知识：补贴抵扣不仅仅受到税务管理规定的限制，还要遵守相关的劳动法规，例如《上海市劳动合同条例》和《上海市企业性费用支出审批管理办法》等，还要符合企业的内部规章制度，例如报销规范、待遇审批标准等。