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是的，被兼并企业必须确认资产转让所得。资产转让所得是指兼并或合并时，接受兼并企业从被兼并企业受让的资产价值所得的款项。资产转让所得既可能是金钱资金，也可能是其他财富，如股票、股权或其它实物资产等。例如，被兼并企业可以把股份划拨给接受兼并企业以出售股份，以及以其他财富的形式从被兼并企业受让资产，有时接受兼并企业也可以用股权等资产确认被兼并企业的债务，以及相应的其他类型的财务结构安排。

因此，被兼并企业应确认资产转让所得，以便按照证券交易法规定的标准进行计税。基于此，兼并或合并当事人应在兼并或合并协议中将证券税放入清单中，并确定被兼并企业支付给接受兼并企业的金额，以及被兼并企业确认的资产转让所得等资产转让的细节。

拓展知识：兼并或合并时，当事双方需要规划和制定资产转让要求。关键原则是，资产转让必须经过被兼并企业的同意，并经被兼并企业的签署或者发表意见才能生效。如果被兼并企业拒绝资产转让，则资产转让就不会生效。