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出口备案单证丢失的处理方式：

一、报送有关部门。出口备案单证丢失，应立即向当地海关报告，经海关审核，提交相关单据，并标注不慎丢失备注，由海关核实和批准，重新开具出口备案单证。

二、及时补办出口备案单证。丢失的出口备案单证一般需要重新申请，持有出口备案单证的企业可携带有关文件前往海关审查，进行补办，如果确有丢失的情况，海关会按照有关规定进行审核，批准并重新开具出口单据。

三、补充相关凭证。如果出口备案单证丢失，企业可以补充相关凭证，包括出口申报表、报关单以及支付书等，以证明该笔出口业务及出口商品的真实性。

拓展知识：

出口备案单证是指，企业在出口前，须经海关审批，根据商品的名称、数量、价格等信息，开具的准予出口的具有法律效力的单证。出口备案单证可以有效的管理出口货物，防止出口货物被偷窃或者走私等行为的发生，并有助于减少有害货物的出口，从而维护境外贸易秩序。