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公司研发软件系统能不能加计扣除的

答：根据《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》(国税函「2010」157号)第一条规定，居民企业被认定为高新技术企业，同时又符合软件生产企业和集成电路生产企业定期减半征收企业所得税优惠条件的，该居民企业的所得税适用税率可以选择适用高新技术企业的15%税率，也可以选择依照25%的法定税率减半征税，但不能享受15%税率的减半征税。

另外，《国务院关于印发进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第一条规定，国家对集成电路企业实施的所得税优惠政策，根据产业技术进步情况实行动态调整。

符合条件的软件企业和集成电路企业享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”优惠政策，在2017年12月31日前自获利年度起计算优惠期，并享受至期满为止。

符合条件的软件企业和集成电路企业所得税优惠政策与企业所得税其他优惠政策存在交叉的，由企业选择一项最优惠政策执行，不叠加享受。

研发费用不能加计扣除的有哪些费用?

1、企业为在职直接从事研发活动人员缴纳的补充养老保险、补充医疗保险费用。根据财税〔2013〕70号文件的规定，允许纳入加计扣除范围的五险一金不包括补充养老保险和补充医疗保险费用。

2、研发活动所用房屋的租赁费和折旧费。除专门用于研发活动的仪器、设备外，其他用于研发活动的固定资产的租赁费和折旧费均不允许纳入加计扣除范围。

3、从政府或母公司取得的研究开发费用专项拨款。

4、非专用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费、运行维护、调整、检验、维修费用，软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用，中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。加计扣除的研发费用强调与企业研发活动直接相关，注重专用性。

公司研发软件系统能不能加计扣除的?综上所述，“两免三减半”和减按15%的税率征收企业所得税这两项优惠同为税率上的优惠，存在交叉，只能选择其中一项享受。