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分公司注销和清理总公司的往来的步骤是：

1、股东会召开，确定分公司注销的决定。

2、清理分公司的全部资产。首先，核对分公司的资产，包括财产、债务、购买和出售款项、物品等，然后核查和登记全部资产。

3、全面收回总公司的资产，包括原材料、完工产品、备件及其他资产。

4、终止分公司与总公司的合同。确定和总公司签署的合同项下的义务和权利，并将相关的金额结算完毕；清理未签署的合同，并将未来双方权利义务一并终止。

5、结清分公司的财务业务。核对分公司的账务，结清和总公司的财务帐务；关闭营业税种号，报章注销，停止开具发票，并向税务机关申办结算报告等业务。

6、营业执照的注销。向注册部门提出注销申请，将所有相关资料一并提交，等待注销章程和章程的备案。

拓展知识：

以上是清理分公司与总公司往来的正规流程，但是清理分公司与总公司往来无疑是一项繁琐的工作，容易出现很多漏洞，例如，有可能会有一些合同还未完全清理，也有可能会有一些资产未结消，等等。对于这些情况，应该设立一个专门的清理小组，对清理工作进行严格的审查，以确保清理工作的质量，并尽快完成清理工作。