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研究与开发阶段支出是指企业针对研发开发新的产品、技术或服务所投入的成本。确认这些支出的方法有以下几种：

1.内部目标控制：企业通常会根据预设的财务模型来控制支出，以免将太多的资金投入到不必要的项目中。此外，企业还要考虑到各项研发项目在一段时期内的财务收益。

2.内部绩效考核：企业需要运用内部绩效考核措施来确保其研究与开发部门的投入收益比符合其财务政策要求。此外，企业还需要确保研发部门在预定的时间内完成有效的研发项目。

3.外部资金投入：外部投资可以帮助企业支持大规模的研发项目，因此也需要企业确认外部投资的营运模式和风险管理机制。

4.税务考虑：企业针对研发项目所投入的支出也可能受到国家宏观财政政策的影响，例如研发项目所征收的企业税。因此，企业需要在确认支出时考虑到当前税收环境的变化，以确保企业不会因税收变动而受到不必要的损失。

拓展知识：除了以上提到的方法之外，企业在确认研发支出时还应该考虑到科研人员薪资、设备投资、研发补助、销售加码等方面的因素。此外，企业实施的研发机制也会对研发支出产生重要影响，例如企业是否采用合同研发的模式，这些都应当纳入企业的研发支出审计考核程序之中。