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专项资金账簿记账，是指在财政财务管理中，对专项资金进行管理和使用，及其所发生的会计业务，以保证财政财务收支的准确、合法和有效的实施过程。

1、收支登记：首先，要按填写财政专项资金收支登记表，把专项资金的收支情况实时地登记。

2、凭证填制：对专项资金的收支，应按财政有关凭证样式，填制财政专项资金凭证，收支凭证是记账凭证，做到明细记账，完整清楚，内容准确，能按要求折叠不丢失，不可任意改动。

3、月末清算：要按照财政专项资金的月末结账清算表，对专项资金的收支情况进行总结汇总，以便下月继续运行。

4、月度报告：专项资金的收支情况，在月末的基础上，每月应根据上级财政要求，把财政专项资金的收支情况，按时按内容编制统计报告，以汇科报上上级财政。

拓展知识：财政专项资金的管理，不仅要做到实时收支登记，准确填制凭证，精细实效清算结账，而且要做到月度定期报告，以及收支的及时勤务报销、经审核的会计处理，还要按照财政的要求，定期结转专项资金，对所有的收支进行正规统计，以确保专项资金的合法运用和正确的财务分配。