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电子联行往来的会计凭证主要有企业内部凭证、银行电子商业汇票（EBPs）和金融账户凭证。

企业内部凭证是指，企业根据财务流程规范，根据业务流程发出的文件，用以凭证证明业务发生的凭证，包括借款凭证（包括支付凭证、回款凭证）、付款凭证、转账凭证、费用凭证等等，其中也可以分为用印/手写凭证和电子凭证来分类，这些凭证可以在电子联行系统中处理。

电子商业汇票（EBPs）是金融机构代理银行根据客户指示，通过电子化手段发出的可以传递至付款行的支付凭证。主要功能与传统纸质汇票的功能一致，可以表达付款限定、承兑指定、日期限定等有关的付款意愿及支付条件。银行会对汇票进行审核签字，并收取手续费，然后将汇票转发给客户或收款企业，最后在收款企业收到汇票并将汇票存入付款行后，汇票才可以被兑现。

金融账户凭证是指企业通过电子联行系统交易的金融业务凭证，包括转账凭证、现金凭证等，通常需要双方签字确认，方可视为有效的会计凭证。在企业及银行的电子联行系统中，用户只需要设计好金融账户凭证的格式，就可以快速完成金融账户的登记、办理付款、体现等流程，使企业的会计凭证流程更加便捷、透明。

由此可见，电子联行往来的会计凭证主要有企业内部凭证、银行电子商业汇票（EBPs）和金融账户凭证等三大类。通过电子联行系统，企业往来凭证记账可以形成一个可追溯的、可审计的会计凭证流转记录，从而保证企业的会计凭证流程的安全性和合规性。

拓展知识：

电子联行往来的会计凭证可以更好地提升企业财务管理的效率和准确性，可以更方便地审计企业的财务报表，可以有效防止客户等违规行为，同时可以提升企业财务流程的安全性和可控性。