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处理丢失专票抵扣联的方法包括：

1、向有关税务机关提出补领的申请材料：您应当按照专票法规定的规定，按照税务机关指定的方式向税务机关提出补领联的申请。申请补领联时，应当准备以下材料：

（1）补领申请书；

（2）专票的原件；

（3）有关销售双方的购销合同或有关的采购合同；

（4）售方凭证；

（5）有关报表、单据等

2、在补领申请中体现购买方和购销双方责任：

在补领申请中，应当体现购买方和购销双方责任，即购买方及出票方应负责补发专票并做好保管，也可以请购买方出具保证书或担保责任声明，以示其保管义务的严格执行。

3、查询税收机关的电子税票档案库：您可以查询电子税票档案库，以了解该票据的相关情况，以及办理补领联手续的可行性。

拓展知识：

专票抵扣联是由收方凭专票向销方申请，用于证明纳税人购买货物或者接受服务，并用于抵扣销项税额的文件，是纳税人直接抵扣销项税额的重要凭证。因此，专票抵扣联的保管具有重要意义，丢失专票抵扣联将会影响纳税人正确确认准确的税额，从而带来不必要的税负，因此，应当及时补领专票抵扣联。