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行政事业单位借入资金账务处理，包含以下几个方面：

一、借入资金的确定与确认

要做好借入资金管理工作，首先要确定借入的资金来源，是政府财政经费，还是其他机构给予的贷款，还是捐款、募款等。确定后，要及时记录在案，编制来源明细报表，并经由负责人审核签字，使具有法律效力。

二、借入资金的内控

借入资金的内控监督，是检查是否按照规定的用途使用借入资金的重要手段之一，因此要充分注意检查与审核，以确保借入资金严格按照规定用途使用。

三、借入资金的账务处理

借入资金的账务处理涉及记账、报表等方面，要特别注意：1）记账时要根据实际情况，按照不同贷款的条件，科学、合理地设立款项专户，有助于认真检查和加强内控；2）编制相关报表，及时、准确地反映账务状况，为决策部门提供参考；3）有效地使用电票、财政专户等财务信息系统，及时反映财务状况，给予更多的分析和决策依据。

四、借入资金的还款

有效地做好还贷工作，是行政事业单位借入资金管理的重要环节，要加强对还款资金的管理，减少还款误差，确保贷款按期还款，避免逾期还款和拖欠影响货币信用和流动性。

拓展知识：同时，行政事业单位还要认真履行财政收支及财务报表公开制度，对借入资金财务报表全面、准确、及时地完成公开，并积极加强财务报表的审计监督，加强对财务状况及运行结果的审核，以便及时发现财务状况的变化，做好风险预警和综合管理。